לכל ילד נבנית תוכנית טיפולית-חינוכית אישית, המותאמת ליכולותיו ולצרכיו באמצעות הצוות הרב-תחומי של בית איזי שפירא.
סל הטיפולים כולל: פיזיותרפיה, הידרותרפיה, ריפוי בדיבור (קלינאות תקשורת) , טיפול באומנות ובמוזיקה, טיפול רב-חושי (סנוזלן), ספורט טיפולי  וטיפולי שיניים.